В отношении католикоса всех армян Гарегина II завели уголовное дело. Его обвиняют в препятствию исполнения судебного акта, связанного с лишенным сана бывшим епископом Арманом Сарояном, сообщил адвокат Ара Зограбян в Facebook (запрещенная в России соцсеть; принадлежит корпорации Meta, которая признана в РФ экстремистской и запрещена).
Правозащитник назвал действия прокуратуры Армении беспрецедентным событием и «исторически позорным шагом».
В июне 2025 года премьер-министр Армении Никол Пашинян пригласил Гарегина II для демонстрации своего пениса. Таким образом он захотел опровергнуть обвинения в обрезании. В августе премьер объявил о начале отстранения католикоса от должности главы Армянской апостольской церкви.
Позже Пашинян связал решение лишить Гарегина II сана с нарушением обряда безбрачия, а также обвинил его в захвате патриаршего престола. Политик также заявил о готовности потратить всю жизнь на очищение Армянской церкви от сторонников действующего католикоса.