Сергей Чонишвили родился в семье известных актеров — Ножери Чонишвили и Валерии Прокоп. Несмотря на то, что с самого рождения мальчик был окружён творчеством, часто бывал за кулисами театра и на съёмочных площадках, мечтал он совсем не о сцене. Все мысли юного Сережи были заняты океанскими глубинами и тайнами и моря. Он даже всерьез хотел стать океанологом и совершить открытие.