С 1974 по 1984 год Б.Г.Макаренко руководил медицинским обеспечением Тихоокеанского флота, а затем курсами усовершенствования медицинского состава (в настоящее время факультет дополнительного профессионального образования) Военно-медицинской академии имени С.М. Кирова.