Одним из наиболее весомых поводов для недовольства горожанами НМТО является возросшее время ожидания на остановках. После отмены части коммерческих маршруток, которые новыми автобусами так и не удалось полноценно заменить, в «часы пик» в разных районах Северной столицы образуются очереди, а салоны нередко оказываются переполнены пассажирами. На этом фоне многие жители города на Неве с сарказмом вспоминают об обещанном Комтрансом комфорте при перемещении наземным транспортом.