Раньше эта функция находилась в компетенции РАН. ФАНО претендует на то, чтобы войти в перечень организаций, имеющих право распоряжаться секретными сведениями. Речь идет в первую очередь о научных разработках в военной сфере и о любых достижениях науки, которые могут быть использованы при создании новых продуктов и технологий. Об этом говорится в проекте соответствующего указа президента, пишет «Московский комсомолец». В пояснительной записке поясняется, что обязанности агентства защищать гостайну в настоящий момент входят в противоречие с имеющимися полномочиями. Проблема возникла после разделения функций РАН и ФАНО – академия потеряла право определять степень секретности, а федеральное агентство соответствующими полномочиями наделить не успели. В результате, когда у многих институтов начали истекать лицензии на работу с государственной тайной, продлить их оказалось негде. Новые полномочия агентства должны решить эту проблему, однако некоторые специалисты полагают, что без помощи академиков ФАНО с этой задачей должным образом не справится. В соответствии с законом о гостайне, в том случае, если президент подпишет проект ФАНО, агентство сможет лишать права собственности на информацию любые предприятия, учреждения, организации и любых граждан.