Они не являются универсальным средством от всех бактерий - часть возбудителей обладает естественной устойчивостью (резистентностью), другие вырабатывают механизмы устойчивости или приобретают их от других бактерий. Применение антибиотиков, особенно нерациональное, приводит к селекции устойчивых бактерий и дальнейшему распространению резистентности.