Совет НАПФ является коллегиальным органом управления, осуществляющим контроль за деятельностью ассоциации в период между заседаниями общего собрания. Члены совета избираются сроком на два года. Лариса Горчаковская, генеральный директор ВТБ Пенсионный фонд, прокомментировала: «НАПФ проводит большую работу, направленную на выработку предложений и инициатив по совершенствованию системы негосударственных пенсионных фондов. Работа в рамках совета ассоциации позволяет нам как одному из крупнейших НПФ принимать активное участие в развитии пенсионной отрасли страны».