В должность главы администрации Центрального округа Канунников вступил в 2014 году. С 1998 по 2001 год был заместителем председателя и председателем бюджетного комитета новосибирского областного Совета депутатов. В период с 2002 по 2014 год он занимал пост заместителя председателя комитета по бюджетной, финансово-экономической политике и собственности областного парламента. До этого Канунников работал учителем истории и директором искитимской №11.