Экс-заместитель начальника Управления регулирования перевозок Юрий Малышев получал переводы от казахстанской авиакомпании «Зирпегеб». По данным Telegram-канала Shot, впервые средства были переведены ему на карту в 2017 году. Чиновник получил 200 тысяч рублей за выдачу разрешения на разовый пролёт в российском воздушном пространстве. Год спустя он получил ещё одну взятку — 126 тысяч рублей. В 2020 году Малышева приговорили к 8,5 года колонии строгого режима за коррупцию с участием других авиакомпаний. Суд постановил, что менеджер обогатился более чем на 4 млн рублей за выдачу разрешений на чартерные рейсы. Сейчас решается вопрос о возбуждении ещё одного уголовного дела.