Пять международных магистерских программ «Большого Алтая» охватывают естественно-научный, социально-экономический и гуманитарный профили. Они разработаны совместными усилиями ученых из Алтайского госуниверситета, ведущих университетов Кыргызстана и Казахстана. Всего по этим программам будут учиться 95 магистрантов, 75 из них – иностранцы из стран Азии Африки.