История станции Нерль берет начало в 1899 году. На первом этапе проект предполагал ее возведение вблизи деревни Кибергино. Однако, благодаря собранию местных жителей, которые выразили протест против строительства железной дороги на их ценных сельскохозяйственных угодьях, местоположение стройки было изменено на менее территорию.